基础医学部设有5室、1中心、3馆、1站。5室：人体解剖学与组织胚胎学教研室、生理学教研室、病原生物与免疫学教研室、病理学教研室、生物化学教研室；1中心：实验中心；3馆：数字人体解剖馆、人体生命科学馆、医学伦理教育馆；1站：遗体捐献接受站。其中人体生命科学馆、医学伦理教育馆为福建省红十字人道与生命教育基地和福建省、漳州市科普教育基地，“遗体捐献接受站” 荣获“省级五一先锋岗”。

基础医学部专任教师29人、兼职教师13人、外聘教师8人。高级职称19人。近几年来，在CN刊物上发表论文80多篇，获省级精品课程2门，主编、副主编、参编教材53部，省市以上立项课题25项，其中2项获漳州市科技成果三等奖。系部高度重视知识产权保护和专利申请工作，鼓励教职工发明创造，张海艳老师申报的5项国家实用新型专利项目获国家知识产权局正式授权。基础医学部成绩斐然，唐忠辉教授荣获省级教学名师、“漳州市优秀人才”、漳州市第六批“专业技术拔尖人才”等荣誉，并担任福建省教育评估委员会专家、漳州市医学会病理分会副主任委员和解放军175医院（厦门大学附属东南医院）兼职教授；滕少康教授荣获漳州市第六批优秀青年科技人才称号；曹林枝教授荣获第五届“科华杯”漳州青年科技奖；竺瑞芳副教授荣获漳州市直师德标兵。实验中心“腹股沟管和腹直肌鞘立体组合模型的创作和应用”荣获院级教学成果二等奖。基础医学部全体教职员工同心同德、共同努力，于2010年荣获“福建省教育系统先进集体”，2011年荣获“全国高职高专院校科研工作先进单位”。

基础医学部秉承“厚德、励志、笃学、尚能” 的校训，大力实施学科建设、师资队伍建设、课程建设和文化建设，带领全体教职员工向着更高的目标迈进。