南平市高级中学于1937创办于年顺昌县，该校名为福建省立顺昌简易师范学校。1941年迁址沙县，改称福建省立国民师范学校。1951年搬迁南平，始称福建省南平师范学校。1957年到现址办学。1958年依托该校创办南平师专，1960年该校独立办学。因“文革”时中等师范教育停办，1969年改办为南平三中。1978年复办师范教育，1989年被确定为联合国儿童基金会与中国政府合作加强师资培训项目学校。1999年，由于师范教育改革和高中教育发展的需要，该校改办为南平市高级中学，简称“南高”，办学规模定为42个班级。

南平市高级中学原是福建省南平师范学校，1999年，学校根据师范教育改革和高中教育发展的需要，按照南平市政府的决定，由中等师范改为普通高中。由于坚持科学的教育方法，经过几年来的教学优化改革，学校教育教学质量不断提高，2004年，学校被确认为福建省二级达标高中，2009年， 学校又被确认为福建省一级达标高中。

南平市高级中学2017年计划在延平区招生695人。“学校的升级也对我们提出了更高的要求，他们将用更好的教育教学质量和更好的校风、教风和学风来回报广大家长和市民对我们的信赖。”

南平高级中学2009年4月该校被评为福建省一级达标学校。