2003年6月，莆田哲理中学经莆田市人民政府批准，在莆田二中旧校址杨梅山麓复办，并于2005年5月经福建省教育厅登记注册。2015年12月，被福建省教育厅确认为省三级达标高中。

莆田二中创办于1878年(清光绪四年)，初名培元书院，租赁城内坊巷“奕世金紫”民房为校舍，设备简陋。

1890年，美国人蒲鲁士和夫人蒲星氏奉派来莆任校长。

1898年，光绪推行新政，废科举、兴学校，培元书院应时改名西学堂(即西学斋)。

1899年，美国人高德里来莆接任校长，在朱紫铺和仓边巷之间辟地数十亩为校址，建起三层楼房一座，称映雪楼。

1902年，学校改名哲理中学。从1909年起，蒲星氏先后三次出任校长，在莆居留居达56年之久。

1927年起，学校改由华人任校长，首任刘金标。30年代，学校已有10多座校舍，校门也从朱紫坊移到仓后程氏祠右，至此校园布局大体形成。20年代起，就学者除莆仙两县外，惠安、永春、德化、大田各县的青少年也纷纷负笈求学，甚至浙江、云南学子也远道而来。

1947年全校高初中有20班，1076人，教职员50多人。据统计，70年中培养高中毕业生3000多名，加上初中毕业生培养人才数以万计。

1926年，受党组织派遣陈国柱在哲理中学映雪楼建立莆田第一个党团混合支部，其支部成员多数是本校的师生，这些人多数在艰难的革命斗争中为国捐躯。哲理“十烈士”载入中共闽中党史史册。抗战时，学校迁至广业、霞溪、碗洋、渭庄等处，在艰苦的条件下，一面组织战时后方服务团，宣传队支援抗战，一面更加勤教苦学。

1942年，陈振华、林启华等15人获准免试升入大学，这个时期留学国外深造的达200人，占全县留学生总数的90%以上。

1898年，美国人把西方体育项目传入该校。

1947年10月，由莆田哲理中学为主力的“莆田田径访问团”，先后访问了福州、上海、南京等地，历时56天，连战皆捷。建国前七十年，把当时西方进步的科学文化、民主平等自由的新观念介绍到莆田来。

1949年新中国成立，学校也获得新生。

1952年学校由人民政府接办，改名莆田第二中学。黄益三任校长。孟津、林文藩先后任书记。

建国以后，学校建设科学楼，教学法楼(东风楼，胜利楼)等，扩大了运动场，分上中下三片，师生人数逐年增加，建国后的前十七年，培养高中毕业生达3000多名，等于建国前70年的总和。

1956年，被评为省重点中学。文革前17年师生每年组织下乡支农。

“文革”期间，校址被占。1969年，莆田二中被迫停办。七十年代初迁址西郊杨梅山重建。1973年，黄金溪奉调来该校主持重建校园工作。经十几年重兴复业，校园占地六十四亩，校舍建筑面积达一万四千多平米，依山而建。

自1983以来，与驻军九五医院共建精神文明先进单位。先后被福州军区、南京军区、福建军区和福建省人民政府授予“军民共建先进单位”，“文明单位”等称号。

1991-1998年，戴明锁、陈金富来二中主持工作。1993年起学校得益于上海建平中学整体教育改革实验，在莆田市率先探索实施素质教育。

1991年国家教委副主任柳斌来校视察、题词勉励：“全面发展，学有特长”。著名科学家卢嘉锡也题词赞誉：“百年老校乐育英才”。

2003年6月，莆田哲理中学经莆田市人民政府批准，在莆田二中旧校址杨梅山麓复办，并于2005年5月经福建省教育厅登记注册，成为一所市直民办完全中学。复办后的莆田哲理中学办学时间不长，但秉承百年文化积淀，依托莆田二中优质的教育教学资源，锐意改革创新，探索适合自己的办学路子，短短几年时间已成为一所校风优良、教风严谨、学风端正、在全市具有较高影响力的品牌学校。学校先后被评为“福建省文明学校”、“福建省德育工作先进学校”、“福建省创先争优活动先进社会组织”、“莆田市先进基层党组织”、“莆田市师德师风先进集体”、 “莆田市先进教工之家”、“莆田市实施素质教育合格学校”、“莆田市五四红旗团委”、“莆田市园林学校”、“诚信教育进校园活动先进单位”、“莆田市园林学校”、“莆田市平安校园”、“莆田市平安先行学校”等荣誉称号，被定为“全国教育科学‘十一五’规划重点课题实验校”、“福建省首批基础教育学科教学研究基地学校”。