学校创办于1878年。由莆阳贤达谢锡恩、阮国兴、薛承恩在城内坊巷租赁“栾世金紫”民房为校舍，取名“培元书院”，寓有“培养一流人才”之意。1890年，美国蒲鲁士偕夫人蒲星氏来莆传教，被培元书院勃勃生机所吸引，斥资悉心经营，并任校长。1898年，光绪推新政，废科举、兴学校，欲以吸收欧美文化之精华，是年11月15日，“培元书院”改名为“西学堂”，此时百废俱举，校内气象焕然一新，负笈求学者，与日俱增，遂成为本校创办之纪念日。1899年，美国人高德理来莆田接任校长，在朱紫铺和仓边巷之间辟地数十亩为校址，修校舍，垒球场，建起三层综合楼，称映雪楼(钟楼)。1907年“西学堂”改名为“兴郡哲理中学”，办学理念独树一帜，博大精深的东方文化和欧美的自然科学有机结合，给学校的发展注入活力，办学成效日隆。1927年学校改由华人任校长，首任校长刘金标。民国十七年(1928年)，由教育部(南京)立案，定名为莆田私立哲理中学，设有高中、初中及师范科三部。30年代，学校已有蒲星堂、石厝等10多座校舍，至此校园布局大体形成。1938年起尽管日寇侵华，局势紧张，我校在战火中顽强坚持办学，培养了后来的黄维垣、俞永新、杨锦宗院士等国家栋梁之才。1952年，学校由人民政府接管，改名为“莆田第二中学”。70年代初迁址西郊杨梅山重建，校园占地七十二亩，依山而建，错落有致，绿树、红花相映成趣。

2003年6月，莆田哲理中学经莆田市人民政府批准，在莆田二中旧校址杨梅山麓复办，并于2005年5月经福建省教育厅登记注册，成为一所市直民办完全中学。复办后的莆田哲理中学办学时间不长，但秉承百年文化积淀，依托莆田二中优质的教育教学资源，锐意改革创新，探索适合自己的办学路子，短短几年时间已成为一所校风优良、教风严谨、学风端正、在全市具有较高影响力的品牌学校。学校先后被评为“福建省文明学校”、“福建省德育工作先进学校”、“福建省创先争优活动先进社会组织”、“莆田市先进基层党组织”、“莆田市师德师风先进集体”、 “莆田市先进教工之家”、“莆田市实施素质教育合格学校”、“莆田市五四红旗团委”、“莆田市园林学校”、“诚信教育进校园活动先进单位”、“莆田市园林学校”、“莆田市平安校园”、“莆田市平安先行学校”等荣誉称号，被定为“全国教育科学‘十一五’规划重点课题实验校”、“福建省首批基础教育学科教学研究基地学校”。